Usando oPacote de folhetos RStudio em um aplicativo brilhante, consegui obter toda a funcionalidade que procurava, exceto desmarcar um objeto marcador depois que ele foi clicado.

Mais especificamente, o valor de entrada $ map_click_id é definido como NULL antes que qualquer marcador seja clicado. Ao clicar em um marcador, ele é atualizado com os dados (ID, lat, lng, nonce) desse marcador. Gostaria de configurar o mapa para que, quando um usuário clicar em qualquer área do mapa que não seja um marcador, a entrada $ map_click_id seja redefinida para NULL até que outro marcador seja clicado.

Eu tentei várias soluções para isso, como comparar os tempos de clique para cliques em marcadores e cliques em mapas, mas a variável de clique em marcadores, uma vez definida como um valor diferente de NULL, é atualizada sempre que o mapa é clicado, independentemente de se está em um marcador ou não, então isso não funciona.

Qualquer ajuda aqui seria muito apreciada! Abaixo está um exemplo reprodutível muito mínimo. Nesse caso, gostaria que as informações do marcador fossem impressas no console quando clicadas e que NULL fosse retornado ao console quando qualquer área não-marcador do mapa for clicada.

library(leaflet)
library(shiny)

# set basic ui
ui <- fluidPage(
  leafletOutput("map")
)

server <- shinyServer(function(input, output) {

  # produce the basic leaflet map with single marker
  output$map <- renderLeaflet(
    leaflet() %>%
      addProviderTiles("CartoDB.Positron") %>%
      addCircleMarkers(lat = 54.406486, lng = -2.925284)

  )

  # observe the marker click info and print to console when it is changed.
  observeEvent(input$map_marker_click,
               print(input$map_marker_click)
               )

})


shinyApp(ui, server)

Essa parece ser a mesma pergunta queperguntou aqui mas como não havia resposta para isso, pensei em tentar novamente.