Então, eu estou tentando ajustar um classificador de floresta aleatório para o meu conjunto de dados. Eu sou muito novo no R e imagino que seja uma questão de formatação simples.

Li em um arquivo de texto e transformei meu conjunto de dados para que fique neste formato: (removendo informações confidenciais)

>head(df.train,2)

   GOLGA8A     ITPR3   GPR174  SNORA63    GIMAP8     LEF1    PDE4B LOC100507043    TGFB1I1    SPINT1
Sample1  3.726046 3.4013711 3.794364 4.265287 -1.514573 7.725775 2.162616    -1.514573 -1.5145732 -1.514573
Sample2 4.262779 0.9261892 4.744096 7.276971 -1.514573 4.694769 4.707387     2.031476 -0.8325444  2.615991
...
...
CD8B     FECH    PYCR1 MGC12916     KCNA3 resp
Sample1  -1.514573 2.099336 3.427928 1.542951 -1.514573    1
Sample2 -1.145806 1.204241 2.846832 1.523808  1.616791    1

Em essência, as colunas são minhas características e as linhas, minhas amostras; a última coluna é meu vetor de resposta, que é uma coluna de fatores, respectivamente.

Então eu uso:

set.seed(1) #Set the seed in order to gain reproducibility

RF1 = randomForest(resp~., data=df.train,ntree=1000,importance=T,mtry=3)

Simplesmente tentando treinar o RF na minha colunaresp usando as outras colunas como recursos.

Mas eu obtenho o erro:

Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'PCNA-AS1' not found

No entanto, olhando para o meu conjunto de treinamento, posso encontrar claramente essa coluna, por exemplo, com:

sort(unique(colnames(df.train))

Então, eu realmente não entendo o erro ou para onde ir a partir daqui. Peço desculpas se eu não fiz a pergunta da maneira correta, obrigado por toda e qualquer ajuda!