O Rstudio está excluindo arquivos importantes quando eu tricô (PDF e HTML)

Então, eu estou tendo um pesadelo com R. Voltei a um projeto que construí sob a iteração anterior (ou talvez mais uma) do RStudio. Eu produzi um relatório viável que me pediram para atualizar, e meu atual bugbear não estava por lá. Aqui está o que acontece:

Meu arquivo de relatório é "ISS Time Series.Rmd". Ele chama outros três arquivos:"mystyles.sty", que atualiza o preâmbulo do LaTeX para usar alguns pacotes adicionais."functions.R" e "load.R". O primeiro contém as funções usadas com freqüência que eu escrevi e o último carrega os dados que estou usando.Eu origino as duas funções R no arquivo .Rmd. Quando tento tricotar o relatório, se eu receber um erro ou for bem-sucedido, meus dois arquivos .R e meu único arquivo .stysão deletados. E não apenas excluído - foi para sempre.

Eu não sei o que está acontecendo. Arruinei meu trabalho anterior simplesmente retornando para examinar o arquivo original.

Por favor, alguém tem que me ajudar aqui. Meu fluxo de trabalho é disparado para o inferno se eu tiver que escrevertodo último pedaço de código repetidamente em cada relatório.

ATUALIZAÇÃO: Mesmo copiar os arquivos para outro diretório não ajuda.

Aqui está o bloco de código que chama o arquivo "load.R":

```{r loaddata}
#
# ------- Load Data
#
# This section loads the ISS survey files one at a time and saves them as 
# read.SPSS objects within a list. It names these eleven objects as "ISS 2002",
# "ISS 2003", etc... until "ISS 2012". This file may be prohibitively large.
#
source("load.R")    # Loads the ISS Survey files

```

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