Eu tenho um projeto python (que eu executo em um virtualenv) e que tem a seguinte estrutura:

Project
├───.git
├───venv
└───src
    ├───__init__.py
    ├───mymodules
    │   ├───__init__.py
    │   ├───module1.py
    │   └───module2.py
    └───scripts
        ├───__init__.py
        └───script.py

script.py

import src.mymodules.module1
...

Executo o projeto com o venv ativado e no diretório Project usando o seguinte comando:

(venv)$ python src/scripts/script.py

O script é executado, mas fornece o seguinte erro antes de sair:

Traceback (most recent call last):
  File "src/scripts/script.py", line 1, in <module>
    import src.mymodules.module1
ImportError: No module named src.mymodules.module1

Eu tentei executar o shell python e tentando importar o módulo de lá e não deu erros. Eu tenho _ _init__.py em todos os diretórios do src. O python está considerando o diretório de trabalho como src / scripts? Por que isso está acontecendo e como posso tornar src o diretório de trabalho, se for esse o caso?