No MSDN, ele diz que RegEnumValue não deve ser usado ao chamar funções que alteram as chaves do Registro que estão sendo enumeradas.

Então, isso também se aplica à exclusão dos valores da chave do Registro?

Como este código faz:

if (RegOpenKeyEx(m_hkey,m_path.c_str(),0,KEY_ALL_ACCESS,&key) == ERROR_SUCCESS)
 {
  bool error=false;
  idx=0;
  while (RegEnumValue(key,idx,name,&namesize,NULL,NULL,NULL,NULL) == ERROR_SUCCESS && !error)
  {
   error=(RegDeleteValue(key,name)!=ERROR_SUCCESS);
   idx++;
  }
  RegCloseKey(key);
 }