Como excluir arquivos da indexação do Eclipse (Static Code Analysis)?

Eu tenho um projeto makefile composto por muitos arquivos de origem, cabeçalho e outros, que estou tentando converter em um projeto "nativo" do Eclipse. O problema que o indexador relata erros e aviso em arquivos que existem nos diretórios, mas são excluídos da compilação. Como conseqüência, grandes partes da minha árvore de diretórios são marcadas com o vermelhox placa.

Como posso fazer com que o indexador ignore arquivos e / ou diretórios específicos?

Nota: ao definir um diretório como "Derivado", ele é excluído de pesquisas adicionais, mas infelizmente não da análise de código. O uso de filtros de recursos do projeto também não resolve o problema.

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