Abrindo uma caixa de diálogo modal em uma página do navegador, pára a página de redesenhar. Scripts iniciados assincronamente são executados ininterruptamente em segundo plano.

Eu ilustro o comportamento neste JSfiddlehttp://jsfiddle.net/YNbux/. A caixa pára sua animação quando oalert() é mostrado e salta na animação quando o alerta é fechado.

Esse comportamento está presente em (no meu computador, pelo menos):

Chrome 21.0.1180.82Ópera 12.01Safari 6.0

Então eu acho que é o comportamento pretendido - mas faz com que as animações saltem, e outras coisas que parecem falhas para um usuário final. Então, por quealert() econfirm() parar as páginas de redesenhar?

Editar: gif-images também param de redesenhar:http://jsfiddle.net/YNbux/4/