correspondência de sequência difusa com grep
Estou tentando corresponder linhas em um arquivo que contém uma string, digamosACTGGGTAAACTA
. Se eu fizer
grep "ACTGGGTAAACTA" file
Dá-me linhas que têm correspondências exatas. Existe uma maneira de permitir certo número de incompatibilidades (substituições, inserções ou exclusões)? Por exemplo, estou procurando sequências
Até 3 legendas permitidas, como "AGTGGGTAACCAA" etc.
Inserções / exclusões (com uma correspondência parcial como "ACTGGGAAAATAAACTA" ou "ACTAAACTA")