Junções ou diretórios virtuais para aplicativos da Web?

Vejo que junções são uma maneira comum de referenciar código compartilhado em muitos projetos. No entanto, eu nunca os vi usados em aplicativos da web antes.

Nossa equipe está explorando a possibilidade de abandonar diretórios virtuais em favor de junções para simplificar nosso processo de criação. Meu objetivo é compilar uma lista de prós e contras para tomar uma decisão informada sobre essa alteração.

É mais apropriado usar junções ou diretórios virtuais em projetos de aplicativos da web?

O ambiente é ASP.NET, IIS6 / IIS7, VS.NET.