Uniones o directorios virtuales para aplicaciones web?

Veo que las uniones son una forma común de hacer referencia al código compartido en muchos proyectos. Sin embargo, no los he visto utilizados en aplicaciones web antes.

Nuestro equipo está explorando la posibilidad de abandonar directorios virtuales en favor de uniones para simplificar nuestro proceso de construcción. Mi objetivo es compilar una lista de pros y contras para tomar una decisión informada con respecto a este cambio.

¿Es más apropiado usar uniones o directorios virtuales en proyectos de aplicaciones web?

El entorno es ASP.NET, IIS6 / IIS7, VS.NET.