Hash iterativo retorna valores diferentes em Python e Java

Estou tentando portar um script python (2.7) para Java. Ele itera um hash sha256 várias vezes, mas eles acabam com resultados diferentes. Percebi na primeira vez em que eles retornam o mesmo resultado, mas a partir daí difere.

Aqui está a implementação do Python:

import hashlib

def to_hex(s):
  print " ".join(hex(ord(i)) for i in s)

d = hashlib.sha256()

print "Entry:"
r = chr(1)
to_hex(r)

for i in range(2):
  print "Loop", i
  d.update(r)
  r = d.digest()
  to_hex(r)

E em Java:

import java.security.MessageDigest;
import java.security.NoSuchAlgorithmException;

public class LoopTest {

  public static void main(String[] args) {
    MessageDigest d;
    try {
      d = MessageDigest.getInstance("SHA-256");
    } catch (NoSuchAlgorithmException e) {
      System.out.println("NoSuchAlgorithmException");
      return;
    }

    System.out.println("Entry:");
    byte[] r = new byte[] {1};
    System.out.println(toHex(r));

    for(int i = 0; i < 2; i++) {
      System.out.printf("Loop %d\n", i);
      d.update(r);
      r = d.digest();
      System.out.println(toHex(r));
    }
  }

  private static String toHex(byte[] bytes) {
    StringBuilder sb = new StringBuilder(bytes.length);
    for (byte b: bytes) {
       sb.append(String.format("0x%02X ", b));
    }
    return sb.toString();
  }
}

As saídas são, para python:

$ python looptest.py
Entry:
0x1
Loop 0
0x4b 0xf5 0x12 0x2f 0x34 0x45 0x54 0xc5 0x3b 0xde 0x2e 0xbb 0x8c 0xd2 0xb7 0xe3 0xd1 0x60 0xa 0xd6 0x31 0xc3 0x85 0xa5 0xd7 0xcc 0xe2 0x3c 0x77 0x85 0x45 0x9a
Loop 1
0x98 0x1f 0xc8 0xd4 0x71 0xa8 0xb0 0x19 0x32 0xe3 0x84 0xac 0x1c 0xd0 0xa0 0x62 0xc4 0xdb 0x2c 0xe 0x13 0x58 0x61 0x9a 0x83 0xd1 0x67 0xf5 0xe8 0x4e 0x6a 0x17

E para java:

$ java LoopTest
Entry:
0x01
Loop 0
0x4B 0xF5 0x12 0x2F 0x34 0x45 0x54 0xC5 0x3B 0xDE 0x2E 0xBB 0x8C 0xD2 0xB7 0xE3 0xD1 0x60 0x0A 0xD6 0x31 0xC3 0x85 0xA5 0xD7 0xCC 0xE2 0x3C 0x77 0x85 0x45 0x9A
Loop 1
0x9C 0x12 0xCF 0xDC 0x04 0xC7 0x45 0x84 0xD7 0x87 0xAC 0x3D 0x23 0x77 0x21 0x32 0xC1 0x85 0x24 0xBC 0x7A 0xB2 0x8D 0xEC 0x42 0x19 0xB8 0xFC 0x5B 0x42 0x5F 0x70

Qual poderia ser o motivo dessa diferença?

Editar:

Obrigado pelas respostas @dcsohl e @Alik agora entendo o motivo. Como estou portando o script Python para Java, tive que manter o Python como está, então modifiquei o programa Java da seguinte forma:

byte[] r2 = new byte[]{};
for(int i = 0; i < 2; i++) {
  System.out.printf("Loop %d\n", i);
  d.update(r);
  r2 = d.digest();
  System.out.println(toHex(r2));
  byte[] c = new byte[r.length + r2.length];
  System.arraycopy(r, 0, c, 0, r.length);
  System.arraycopy(r2, 0, c, r.length, r2.length);
  r = c;
}

questionAnswers(2)

yourAnswerToTheQuestion