Instalei o Anaconda 2.2.0 para Windows e criei um ambiente virtual via:

> conda create -n my-env anaconda

O ambiente foi criado com sucesso e eu o vejo na minha lista de ambientes (e de fato o diretório existe no Anaconda \ envs ..)

> conda info -e
# conda environments:
#
my-env                   D:\Anaconda\envs\my-env
root                  *  D:\Anaconda

No entanto, ao executar o script enable.bat para alternar entre ambientes, embora pareça ter êxito, a troca não é realmente feita:

> activate.bat my-env
Activating environment "astropy-dev"...
> conda list -e
# conda environments:
#
my-env                   D:\Anaconda\envs\my-env
root                  *  D:\Anaconda

Com o* indicando o ambiente ativo.

Vi alguns problemas com o conda ativados no Windows, mas não encontrei esse problema específico.

Para mais informações: Estou procurando copiar toda a distribuição do pacote Anaconda e instalar uma versão do desenvolvedor em um pacote.