Então, eu estava interessado em anexar arquivos a um arquivo zip e me deparei com alguns usuários que fizeram essa pergunta antes e outro usuário deu esse trecho de código como uma solução para esse problema:

    public static void updateZip(File source, File[] files, String path){
    try{
        File tmpZip = File.createTempFile(source.getName(), null);
        tmpZip.delete();
        if(!source.renameTo(tmpZip)){
            throw new Exception("Could not make temp file (" + source.getName() + ")");
        }
        byte[] buffer = new byte[4096];
        ZipInputStream zin = new ZipInputStream(new FileInputStream(tmpZip));
        ZipOutputStream out = new ZipOutputStream(new FileOutputStream(source));
        for(int i = 0; i < files.length; i++){
            System.out.println(files[i].getName()+"being read");
            InputStream in = new FileInputStream(files[i]);
            out.putNextEntry(new ZipEntry(path + files[i].getName()));
            for(int read = in.read(buffer); read > -1; read = in.read(buffer)){
                out.write(buffer, 0, read);
            }
            out.closeEntry();
            in.close();
        }
        for(ZipEntry ze = zin.getNextEntry(); ze != null; ze = zin.getNextEntry()){
            if(!zipEntryMatch(ze.getName(), files, path)){
                out.putNextEntry(ze);
                for(int read = zin.read(buffer); read > -1; read = zin.read(buffer)){
                    out.write(buffer, 0, read);
                }
                out.closeEntry();
            }
        }
        out.close();
        tmpZip.delete();
    }catch(Exception e){
        e.printStackTrace();
    }
}

private static boolean zipEntryMatch(String zeName, File[] files, String path){
    for(int i = 0; i < files.length; i++){
        if((path + files[i].getName()).equals(zeName)){
            return true;
        }
    }
    return false;
}

Eu criei um mini programa para testar este método e este é o método que faz todo o trabalho:

    private static void appendArchive() {
    String filename = "foo";
    File[] filelist = new File[10];
    int i = 0;
    String temp = "";
    while (!filename.trim().equals("")) {
        System.out
                .println("Enter file names to add, then enter an empty line");
        filename = getInput();
        filelist[i] = new File(filename, filename);
        System.out.println("Adding " + filelist[i].getName());

    }
    System.out
            .println("What is the name of the zip archive you want to append");
    File zipSource = new File(getInput() + ".zip", "testZip.zip");
    try {
        Archiver.updateZip(zipSource, filelist, "");
    } catch (Exception e) {
        // TODO Auto-generated catch block
        e.printStackTrace();
    }
}

Sempre que tento executar este programa, recebo este erro, seguido pelo seguinte:

java.lang.Exception: Could not make temp file (testZip.zip)

at Archiver.updateZip(Archiver.java:68)
at main.appendArchive(main.java:62)
at main.main(main.java:29)

Eu suspeitava que o arquivo zip que eu estava passando era considerado aberto por alguma razão, e então o método de renomeação não estava funcionando no Windows, então eu tentei usar o construtor para o arquivo zip que você vê agora. O que exatamente estou fazendo errado aqui. Minha entrada de teste é 2 para o arquivo e 2 (que é anexada ao 2.zip). Não deve haver problemas relacionados ao diretório, pois os arquivos são gerados pelo programa.