Eu tenho algo assim dentro da minha atividade:

@Override
    public void onNavigationDrawerItemSelected(int position) {
        Fragment fragment = null;
        switch (position+1) {
            case 1: {
                fragment = new Fragment_Login();
                FragmentManager frgManager = getFragmentManager();
                frgManager.beginTransaction().replace(R.id.container, fragment)
                        .commit();
                break;
            }
            case 2: {
                SwipeRefreshListFragment swipeFragment = new Fragment_List_Of_Assessments();
                FragmentTransaction transaction = getSupportFragmentManager().beginTransaction();
                transaction.replace(R.id.container, swipeFragment)
                        .commit();
                break;
            }
            case 3: {
                fragment = new Fragment_Report();
                FragmentManager frgManager = getFragmentManager();
                frgManager.beginTransaction().replace(R.id.container, fragment)
                        .commit();
                break;
            }
            case 4: {
                fragment = new Fragment_Settings();
                FragmentManager frgManager = getFragmentManager();
                frgManager.beginTransaction().replace(R.id.container, fragment)
                        .commit();
                break;
            }
            default:
                break;
        }
    }

O programa carrega automaticamente case1, mas quando case2 é selecionado, getSupportFragmentManager carrega o Fragmento na parte superior da case1. Eu acho que há algum problema com o uso de supportFragmentManager e FragmentManager. Eles parecem ter sua própria pilha. O problema é que não posso usar apenas um deles, porque o exemplo do Android SwipeToRefresh usa o ListView, que precisa de support.v4.Fragment, que precisa do FragmentManager antigo. Então, como é possível integrar os dois FragmentManagers?