Clique em Mais uma vez .appref-ms que um link para o arquivo .application?
Eu tenho um ambiente ClickOnce como este:
\ Fileserver \ ClickOnceApps \ App1.application
C: \ Documents and Settings \ usuário \ Menu Iniciar \ Programas \ publisher \ app1.appref-ms
Meu entendimento é que o arquivo .apppref-ms é um link glorificado para o arquivo app.application. Faz mais alguma coisa?