Corri para um problema que pode ser replicado da seguinte maneira (você precisa do IIS8, portanto, deve estar no Windows 8+ ou no Windows Server 2012 R2 +):

Crie um novo site no Gerenciador do IIS, diga TestWs na porta 8881, apontando para uma nova pasta, diga C: \ temp \ testws e adicione o seguinte arquivo Web.config lá

<?xml version="1.0"?>
<configuration>
  <system.web>
    <compilation targetFramework="4.5"/>
    <httpRuntime targetFramework="4.5"/>
  </system.web>
</configuration>

Agora adicione o seguinte arquivo WsHandler.ashx na mesma pasta

<%@ WebHandler Language="C#" Class="WsHandler" %>

using System;
using System.Threading;
using System.Web;

public class WsHandler : IHttpHandler
{
    public void ProcessRequest(HttpContext context)
    {
        context.AcceptWebSocketRequest(async webSocketContext =>
        {
            while (true)
            {
                await webSocketContext.WebSocket.ReceiveAsync(new ArraySegment<byte>(new byte[1024]), CancellationToken.None);
            }
        });
    }

    public bool IsReusable { get { return true; } }
}

Em seguida, crie um websocket a partir da barra de ferramentas do desenvolvedor em seu navegador, da seguinte maneira

var ws = new WebSocket("ws://localhost:8881/wshandler.ashx");
ws.onclose = function() { console.log('closed'); };

No gerenciador de tarefas, você verá que existe um processo w3wp.exe para esse aplicativo. Se você o matar, o cliente obterá o evento onclose e o texto fechado será impresso.

No entanto, se você criar um websocket como descrito acima e for para o gerenciador do IIS e reciclar o pool de aplicativos, o websocket não será fechado e agora haverá dois processos w3wp.exe.

Fechando o soquete da Webws.close(); ou atualizar o navegador fará com que o processo original do w3wp.exe seja encerrado.

Parece que a presença do websocket aberto está fazendo com que o IIS não consiga reciclar o pool de aplicativos corretamente.

Alguém pode descobrir o que alterar no meu código ou o que alterar no IIS para que isso funcione?