Eu sei que esta pergunta é semelhante aesta 1. Como não consegui encontrar uma solução lá, publique-a aqui novamente.

Eu quero obter exatamente a mesma saída que recebo clicando em "Knit HTML", mas através de um comando. Tentei usar knit2html, mas ele mexe com a formatação e não inclui o título, o kable não funciona etc.

Exemplo:

Este é o meu arquivo test.Rmd,

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title: "test"
output: html_document
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This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.

When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

```{r}
library(knitr,quietly=T)
kable(summary(cars))
```

You can also embed plots, for example:

```{r, echo=FALSE}
plot(cars)
```

Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.

Resultado:

Malha HTML

knit2html