Git já atualizado, a menos que eu redefina

Eu tenho um repositório clonado que uso no site ativo e ele recebe de um repositório simples. Por alguma razão, sempre que executo "git pull", recebo a mensagem já atualizada. Mas não está atualizado e não atualizado. Se eu fizer uma redefinição do git --hard HEAD ^ e depois git pull novamente, as alterações entrarão.

Qual é o problema aqui e como corrigi-lo para que o git pull puxe e mescle as alterações sem precisar de uma reinicialização completa?

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