Digamos que eu tenha 10.000 pontos em A e 10.000 pontos em B e queira descobrir o ponto mais próximo de A para cada ponto B.

Atualmente, eu simplesmente percorro todos os pontos de B e A para descobrir qual é o mais próximo em distância. ie

B = [(.5, 1, 1), (1, .1, 1), (1, 1, .2)]
A = [(1, 1, .3), (1, 0, 1), (.4, 1, 1)]
C = {}
for bp in B:
   closestDist = -1
   for ap in A:
      dist = sum(((bp[0]-ap[0])**2, (bp[1]-ap[1])**2, (bp[2]-ap[2])**2))
      if(closestDist > dist or closestDist == -1):
         C[bp] = ap
         closestDist = dist
print C

No entanto, tenho certeza de que existe uma maneira mais rápida de fazer isso ... alguma idéia?