Temos uma consulta semelhante à seguinte:

from x in db.Table.Include(x => x.Parent)
                  .Include(x => x.Parent.Relation)
                  .Include(x => x.Relation)
                  .Include(x => x.Children)
where /* some query */
select x

O problema é que, ao adicionar.Include(x => x.Children), aORDER BY A declaração que o Entity Framework adiciona ao SQL gerado faz com que a consulta demore muito tempo para ser executada - algo como o abaixo:

ORDER BY [Project2].[Id1] ASC, [Project2].[Id2] ASC, [Project2].[Id] ASC, [Project2].[C4] ASC

Adicionar orderby à consulta linq também não ajuda, não afeta a instrução acima, exceto a adição de uma coluna adicional para classificar.