O R 3.1.0 foi lançado e um dos novos recursos é o seguinte:

type.convert() (e, portanto, por padrãoread.table()) retorna um vetor ou fator de caractere quando representar uma entrada numérica como um duplo perderia precisão. Da mesma forma para entradas complexas.

Para dar um exemplo:

df <- read.table(text = "num1 num2
1.1 1.1234567890123456
2.2 2.2
3.3 3.3", header = TRUE)

sapply(df, class)
#      num1      num2 
# "numeric"  "factor"

enquanto nas versões anteriores,read.table retornaria duas colunas numéricas.

Para quem gosta de mim está preocupado com essa mudança, o que pode ser feito para preservar o antigo comportamento?

Nota: Gostaria de uma solução geral que não faça suposições sobre os dados de entrada, ou seja, não sugiro que eu usecolClasses = "numeric" no exemplo acima. Obrigado.