Fatoração matricial não negativa em Python que lida com zeros e dados ausentes?

Eu procuro uma implementação NMF que tenha uma interface python e lide com dados ausentes e zeros.

Não quero imputar meus valores ausentes antes de iniciar a fatoração, quero que eles sejam ignorados na função minimizada.

Parece que nem o scikit-learn, nem o nimfa, nem o graphlab, nem podem propor essa opção.

Obrigado!