Como ler todos os arquivos em uma pasta usando C

Desejo ler todos os arquivos de texto em uma pasta específica. Os nomes dos arquivos não possuem nenhum padrão comum - caso contrário, a tarefa teria sido mais fácil.

//read a file from the directory  
//Perform a common operation  
//write output to a common file  
//read the next file

Seria bom se eu pudesse trabalhar com subdiretórios também, mas até mesmo a implementação básica é suficiente.

Eu tentei olhar para as questões relacionadas anteriormente feitas (Aqui, Aqui, Aqui eAqui), mas nenhum deles dá uma resposta específica ao C e ao Linux que eu preciso.

editar : Então, isso é o que eu escrevi com base nas respostas recebidas

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <sys/types.h>
#include <dirent.h>
#include <unistd.h>
#include <errno.h>


int main(int argc, char **argv)
{
    DIR* FD;
    struct dirent* in_file;
    FILE    *output_file;
    FILE    *entry_file;
    char    buffer[BUFSIZ];

    /* Opening common file for writing */
    output_file = fopen("/home/pnp/snort_rules_folder/rulesoutput.txt", "a+");
    if (output_file == NULL)
    {
        fprintf(stderr, "Error : Failed to open output_file\n");

        return 1;
    }

    /* Scanning the in directory */
    if (NULL == (FD = opendir ("/home/pnp/snort_rules_folder/rules"))) 
    {
        fprintf(stderr, "Error : Failed to open input directory\n");
        fclose(output_file);

        return 1;
    }
    while ((in_file = readdir(FD))) 
    {
        /* On linux/Unix we don't want current and parent directories
         * If you're on Windows machine remove this two lines
         */
        if (!strcmp (in_file->d_name, "."))
            continue;
        if (!strcmp (in_file->d_name, ".."))    
            continue;
        /* Open directory entry file for common operation */
        /* TODO : change permissions to meet your need! */
        entry_file = fopen(in_file->d_name, "r");
        if (entry_file == NULL)
        {
            fprintf(stderr, "Error : Failed to open entry file\n");
            fclose(output_file);

            return 1;
        }

        /* Doing some stuff with entry_file : */

        while (fgets(buffer, BUFSIZ, entry_file) != NULL)
        {
            /* Use fprintf or fwrite to write some stuff into common_file*/
        }

    fprintf(output_file, "reading file %s", in_file->d_name);

        /* When you finish with the file, close it */
        fclose(entry_file);
    }

    /* Don't forget to close common file before leaving */
    fclose(output_file);

    return 0;
     }

E o erro recebido
pnp @ pnp-laptop: ~ / snort_rules_folder $ ./a.out
Erro: falha ao abrir o arquivo de entrada

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