Eu entendo os benefícios de segurança da declaração preparada, s no MySQL. Não há necessidade de abordar esse tópico aqui. Eu estou pensando sobre o aspecto do desempenho deles.

Agora, eu sei que quando uma consulta usando uma instrução preparada é executada duas vezes em um único script PHP, é mais rápida porque a consulta é analisada apenas uma vez, uma vez para cada consulta. O cliente faz uma viagem para se preparar e envia dados duas vezes usando o protocolo binário. O protocolo binário é mais rápido e você não precisa analisar pela segunda vez.

No entanto, e o caso em que eu só quero executar uma consulta uma vez em um único script PHP? Parece que usar uma declaração preparada é pior, porque você está fazendo duas viagens ao servidor, uma para preparar e outra para enviar os dados. O benefício de ter que analisar apenas uma vez é perdido, e você é penalizado por essa segunda viagem. Se os dados não forem suficientemente menores em formato binário, você perde usando uma instrução preparada, certo?

No entanto, li alguns relatórios conflitantes sobre o que as bibliotecas mysqli ou PDO do PHP fazem? Algum deles armazena em cache a instrução preparada na execução do script? O servidor precisará analisar a instrução preparada novamente em um carregamento de página subsequente ou não? Se a resposta for não, que a instrução não precisa ser analisada no segundo carregamento de página, parece que as instruções preparadas são melhores, mesmo se você estiver executando a consulta apenas uma vez por carregamento de página.

Por favor, leve em consideração se algo mudou entre as versões do MySQL em relação a isso. Você pode assumir com segurança que estou usando o PHP 5.2

EDIT: Apenas para esclarecer, quero uma resposta específica para o MySQL e PHP, especificando a versão do MySQL e se isso foi diferente, e considerar SOMENTE o desempenho, não a facilidade de uso ou a segurança.

ATUALIZAÇÃO: Aceitei a resposta que fiz por causa do comentário de acompanhamento que teve algumas boas idéias. Ainda estou um pouco decepcionado por ninguém parecer capaz de responder ao cerne da pergunta real que eu fiz com certeza. Acho que às vezes a resposta é realmente "depende".