Não encontrei uma boa maneira de uglificar vários arquivos de script espalhados por várias pastas, mantendo a estrutura de pastas intacta. A única razão pela qual desejo fazer isso é poder aumentar o desempenho da parte "herdada" da página da Web em que estou trabalhando.

Eu encontrei uma maneira de contornar isso que não quero fazer, pois levará muito tempo, e é como se faz nesta resposta (eles especificam cada par src e dest separadamente):como configurar o grunt.js para compactar arquivos separadamente

Um exemplo do que eu quero alcançar:

**src dir (no uglify applied):**
src
 |- app1
    |- randomFile.js
    |- scripts
       |- file1.js
       |- file2.js
    |- libs
       |- file3.js
       |- file4.js
 |- app2
   |- scripts
       |- file1.js
       |- file2.js

**destination dir (uglify applied, same file name):**
dist
 |- app1
    |- randomFile.js
    |- scripts
       |- file1.js
       |- file2.js
    |- libs
       |- file3.js
       |- file4.js
 |- app2
    |- scripts
       |- file1.js
       |- file2.js

Btw, deseja fazer o mesmo para arquivos CSS, se possível.

Alguém sabe se isso é possível?