Estou com um problema ao usar o jQuery com JavaScript nativo (NÃO prototype.js). Ao usar o código a seguir, o jQuery 1.9.1 com uma mensagem de erro:

Object.prototype.myVeryGreatFunction = function() {
    // ...
}

[Error] TypeError: undefined is not a function (evaluating 'U[a].exec(s)')
ft (jquery.min.js, line 4)
wt (jquery.min.js, line 4)
st (jquery.min.js, line 4)
find (jquery.min.js, line 4)
init (jquery.min.js, line 3)
b (jquery.min.js, line 3)
(anonymous function) (read.control.js, line 59)
c (jquery.min.js, line 3)
fireWith (jquery.min.js, line 3)
ready (jquery.min.js, line 3)
H (jquery.min.js, line 3)

Quando removo a definição do protótipo, tudo funciona muito bem. Infelizmente, não consigo atualizar facilmente o jQuery porque ele está em um plug-in para um CMS, portanto, ele tem que funcionar com versões antigas por motivos de compatibilidade.

Existe algum problema conhecido ou uma correção para isso?

O Google realmente me mostra soluções como usarjQuery.noConflict() e quebra de função privada. Mas, como mencionado acima, não estou usando o prototype.js, masnativo Prototipagem de objetos JS.