Basicamente, eu tenho tentado fazer isso (contagem distinta com base em duas colunas):

select count(distinct(checksum(TableA.PropertyA, TableB.PropertyB))) 
from TableA 
left outer join TableB
on TableA.TableBId = TableB.Id 
where PropertyA like '%123%'

Foi pesquisando no Google como fazer isso, mas sem sorte. Tentei isso, mas nunca realmente funcionou. Isso não conta distintamente com base nas duas propriedades de duas tabelas:

var queryOver = c.QueryOver<TableA>();
TableB tableBAlias = null;
TableA tableAAlias = null;
ProjectionList projections = Projections.ProjectionList();

queryOver.AndRestrictionOn(x => x.PropertyA).IsLike("%123%");
projections.Add(Projections.CountDistinct(() => tableAAlias.PropertyA));

queryOver.JoinAlias(x => x.TableB , () => tableBAlias, JoinType.LeftOuterJoin);
projections.Add(Projections.CountDistinct(() => tableBAlias.PropertyB));

queryOver.Select(projections);
queryOver.UnderlyingCriteria.SetProjection(projections);
return queryOver.TransformUsing(Transformers.DistinctRootEntity).RowCount();