Basta fazer uma comparação pixel a pixel de duas imagens que são muito semelhantes (uma é uma versão editada de outra) e escrever as diferenças para um novo arquivo.

for (int y = 0; y < height; y++)
{
    for (int x = 0; x < width; x++)
    {
        pix1 = src.GetPixel(x, y);
        pix2 = comp.GetPixel(x, y);
        if (pix1 != pix2)
        {
            dest.SetPixel(x, y, pix1);
        }
    }
}

src ecomp são as duas imagens para comparar edest é apenas uma nova imagem. Demora bastante tempo.

O que é uma maneira mais rápida de fazer isso?
Talvez não seja necessário obter o pixel para compará-lo?