As classes EntityFramework são excluídas após a atualização?

Alterei meu modelo de banco de dados para que uma das chaves estrangeiras da tabela aceitasse valores nulos. Depois fui ao meu.edmx e fiz o "Atualizar modelo do banco de dados ..." e depois de salvar todos os meus arquivos de classe representando as tabelas foram excluídos automaticamente.

Se eu reverter minhas alterações no banco de dados e salvar novamente o meu.edmx, as classes reaparecerão. Mas eu realmente quero que essa chave estrangeira possa aceitar nulos. O que poderia estar causando isso?

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