doMC no loop R e foreach não funciona
Eu estou tentando obter o pacote foreach para processamento paralelo no trabalho R e estou tendo alguns problemas:
O pacote do doMC que é necessário para fazer o trabalho foreach não existe no CRAN para Windows. Alguns blogs sugerem que o doSNOW deve fazer o mesmo trabalho. No entanto, quando eu executo o comando foreach com doSNOW,%dopar% parece não funcionar mais rápido do que%do%. Na verdade, é muito mais lento. Meu CPU é um Intel i7 860 @ 2.80GHz com 8 GB de RAM. Abaixo está o meu código:
##Run example in 1 core
require(foreach)
require(doSNOW)
x= iris[which(iris[,5] != "setosa"),c(1,5)]
trials = 10000
system.time({
r= foreach(icount(trials), .combine=cbind) %do% {
ind=sample(100,100,replace=TRUE)
results1 = glm(x[ind,2]~x[ind,1],family=binomial(logit))
coefficients(results1)
}
})[3]
# elapsed
# 37.28
# Same example in 2 cores
registerDoSNOW(makeCluster(2,type="SOCK"))
getDoParWorkers()
trials = 10000
system.time({
r= foreach(icount(trials), .combine=cbind) %dopar% {
ind=sample(100,100,replace=TRUE)
results1 = glm(x[ind,2]~x[ind,1],family=binomial(logit))
coefficients(results1)
}
})[3]
# elapsed
# 108.14
Eu re-instalado todos os pacotes necessários, mas ainda os mesmos problemas. Aqui está a saída:
sessionInfo()
#R version 2.15.1 (2012-06-22)
#Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)
#locale:
#[1] LC_COLLATE=English_United States.1252
#[2] LC_CTYPE=English_United States.1252
#[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
#[4] LC_NUMERIC=C
#[5] LC_TIME=English_United States.1252
#attached base packages:
#[1] parallel stats graphics grDevices datasets utils methods
#[8] base
#other attached packages:
#[1] doParallel_1.0.1 codetools_0.2-8 doSNOW_1.0.6 snow_0.3-10
#[5] iterators_1.0.6 foreach_1.4.0 rcom_2.2-5 rscproxy_2.0-5
#loaded via a namespace (and not attached):
#[1] compiler_2.15.1 tools_2.15.1