Eu tenho o seguinte dataframe:

sp <- combn(c("sp1","sp2","sp3","sp4"),2)
d <- data.frame(t(sp),"freq"=sample(0:100,6))

e dois fatores

x1 <- as.factor(c("sp1","sp2"))
x2 <- as.factor(c("sp3","sp4"))

Preciso de um dataframe retornado contendo todas as combinações possíveis dex1 ex2 e afreq do dataframed associado a essa combinação.

O dataframe retornado ficaria assim:

data.frame("X1" = c("sp1","sp1","sp2","sp2"),
           "X2" = c("sp3","sp4","sp3","sp4"),
           "freq" = c(4,94,46,74))

Eu tentei:

sub <- d[d$X1 == x1 & d$X2 == x2,]

mas pegue o erro

Error in Ops.factor(d$X1, x1) : level sets of factors are different

Alguma idéia de como resolver esse problema?