Automatizando comandos do cygwin na linha de comando do Windows (e, finalmente, no MsBuild)

Eu tenho uma situação em que tenho alguns comandos do cygwin que desejo executar na linha de comando do Windows.

chmod 777 /home/administrator/*

Atualmente eu tenho que digitar manualmente cygwin.bat, em seguida, digite o comando acima no cygwin. Eu queria saber se é possível (e se sim, como) ter essas etapas automatizadas na linha de comando do Windows?

Por fim, quero que todos os comandos acima estejam em MsBuild para alcançar a automação completa, se possível.

Obrigado.

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