Tenho o tomcat 5.5 instalado, em execução e verificável emhttp: // localhost: 8080 /. A opção do menu Tomcat aparece na barra de menu do Eclipse e eu posso iniciar e parar o Tomcat a partir daí. No Eclipse, ele não é exibido como um Ambiente de Tempo de Execução do Servidor em Janela - Preferências - Servidor - Ambientes de Tempo de Execução, nem aparece na lista de ambientes que podem ser incluídos quando clico no botão "Incluir". Tudo que vejo é a biblioteca de tempo de execução J2EE.

Editar:
Executando no Windows XP.

A versão do Eclipse é 3.5.1