Eu estou criando um arquivo PHP que faz 2 chamadas de banco de dados mysql e o resto do script é se instruções para coisas como file_exists e outras variáveis ​​simples. Eu tenho cerca de 2000 linhas de código neste arquivo até agora.

É melhor prática incluir um arquivo separado se uma afirmação for verdadeira; ou simplesmente digite o código diretamente na própria instrução if?

É o seu número máximo de linhas de código para um único arquivo que deve ser respeitado com o PHP?