Imprimindo uma árvore preguiçosamente no formato Newick
Desejo imprimir uma árvore binária emFormato newick, mostrando a distância de cada nó ao seu pai. No momento, não tive um problema com o código a seguir, que usa recursão regular, mas uma árvore muito profunda pode gerar um estouro de pilha.
(defn tree->newick
[tree]
(let [{:keys [id children to-parent]} tree
dist (double to-parent)] ; to-parent may be a rational
(if children
(str "(" (tree->newick (first children))
"," (tree->newick (second children))
"):" dist)
(str (name id) ":" dist))))
(def example {:id nil :to-parent 0.0
:children [{:id nil :to-parent 0.5
:children [{:id "A" :to-parent 0.3 :children nil}
{:id "B" :to-parent 0.2 :children nil}]}
{:id "C" :to-parent 0.8 :children nil}]})
(tree->newick example)
;=> "((A:0.3,B:0.2):0.5,C:0.8):0.0"
(def linear-tree (->> {:id "bottom" :to-parent 0.1 :children nil}
(iterate #(hash-map :id nil :to-parent 0.1
:children [% {:id "side" :to-parent 0.1 :children nil}]))
(take 10000)
last))
(tree->newick linear-tree)
;=> StackOverflowError
O problema que encontrei com os utilitários atuais, comotree-seq
eclojure.walk
é que preciso visitar um nó interno mais de uma vez para interpor a vírgula e fechar o colchete. Eu useiclojure.zip
, mas não consegui escrever uma implementação recursiva lenta / recursiva, já que precisaria armazenar para cada nó interno quantas vezes eles já foram visitados.