Como organizar git repos ao construir um projeto semente

Eu estou construindo um site baseado em um projeto semente (MEAN.io) que eu clonei do github. Como faço para separar esses arquivos dos meus próprios arquivos? Como essa semente fornece um amplo esqueleto de arquivos, meus próprios arquivos são distribuídos pelo projeto. Eu gostaria de poder extrair atualizações da semente, mas não misturá-la com os arquivos que estou adicionando.

Eu sei que posso adicionar a semente como um submódulo git, mas como eu mantenho meus arquivos que eu adiciono neste diretório longe do repositório de sementes?

Felicidades

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