Uma solução .NET 3.5 acabou com esse aviso ao compilar com msbuild.

Às vezes o NDepend pode ajudar, mas neste caso não deu mais detalhes.Como bob Acabei tendo que recorrer à abertura de cada montagem no ILDASM até encontrar o que estava referenciando uma versão mais antiga do assembly dependente.

Eu tentei usar o MSBUILD do VS 2010 Beta 2 (como o artigo do Connect indicou que isso foi corrigido na próxima versão do CLR), mas isso também não forneceu mais detalhes (talvez corrigido após o Beta 2)

Existe uma abordagem melhor (mais automatizada)?