Alterar a cor do JButton em um thread

Eu estou tentando fazer um jogo como o simon:http://www.freegames.ws/games/kidsgames/simon/simon.htm#

Eu estou fazendo uma escala menor com apenas 2 botões. Eu quero a cor para alternar entre 2 botões, button1 e button2. Isso está em um segmento porque eu preciso de botões para serem clicados enquanto isso está acontecendo. Quando abro o programa, a cor do botão fica como está.

Obrigado pela ajuda antecipadamente!

import java.awt.BorderLayout;
import java.awt.Color;
import java.awt.Container;
import java.awt.FlowLayout;

import javax.swing.*;

public class TestFrame extends JFrame{

    public JButton button1; 
    public JButton button2;

    boolean isTrue = true;
    boolean switchColor = true;

    TestFrame(){
        super("Simon");
        initialize();

        this.setSize(200, 400);
        this.setVisible(true);
    }

    private void initialize() {
         this.setLayout(new BorderLayout()); 

        button1 = new JButton();
        button1.setBackground(Color.green);
        button1.setSize(200,200);

        button2 = new JButton();
        button2.setSize(200, 200);
        button2.setBackground(Color.blue);

        this.add(button1, BorderLayout.NORTH);
        this.add(button2, BorderLayout.SOUTH);
        Thread t = new Thread(r1);
        t.start();

    }
    Runnable r1 = new Runnable() {
        public void run() {
            while(isTrue){
            if(switchColor = true){
                button1.setBackground(Color.blue);
                button2.setBackground(Color.green);
                try {
                    Thread.sleep(500);
                } catch (InterruptedException e) {
                    // TODO Auto-generated catch block
                    e.printStackTrace();
                }
                refresh();
                switchColor = false;
            } else {
                button1.setBackground(Color.green);
                button2.setBackground(Color.blue);
                try {
                    Thread.sleep(500);
                } catch (InterruptedException e) {
                    // TODO Auto-generated catch block
                    e.printStackTrace();
                }
                refresh();

                switchColor = true;
                }
            }

        }
    };

    public void refresh(){
        this.invalidate();
        this.validate();
        this.repaint();
    }

}

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