Copie as diferenças entre dois arquivos no unix

Em primeiro lugar, qual é o melhor e mais rápido comando unix para obter apenas as diferenças entre dois arquivos? Eu tentei usar diff para fazer isso (abaixo).

Eu tentei a resposta dada por Neilvert Noval por aqui -Compare dois arquivos linha por linha e gere a diferença em outro arquivo

código -

diff -a --suppress-common-lines -y file1.txt file2.txt >> file3.txt

Mas eu recebo muitos espaços e um símbolo também antes das diferentes linhas. Como faço para consertar isso? Eu estava pensando em remover espaços à direita e o primeiro '>', mas não tenho certeza se isso é uma correção legal.

Meu arquivo1.txt tem -

Hello World!
Its such a nice day!
#this is a newline and not a line of text# 

Meu arquivo1.txt tem -

Hello World!
Its such a nice day!
Glad to be here!
#this is a newline and not a line of text# 

Saída - "#Muitos espaços aqui #> Fico feliz em estar aqui :)"

Saída esperada - Fico feliz em estar aqui :)

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