Quando eu instalei o Xdebug atravéspecl, acrescentou a seguinte linha ao meu arquivo php.ini.

extension="xdebug.so"

e tudo que eu usei funcionou. Até hoje.

Hoje eu estava tendo problemas para configurar o Xdebug para depuração interativa. Eu não consegui fazer nada até que eu mudei o acima para

zend_extension="/usr/local/lib/php/extensions/xdebug.so"

(Advertência: eupensar isso é o que me fez trabalhar, mas não tenho 100% de certeza)

Isso levantou a questão em minha mente. Qual é a diferença em carregar uma extensão viaextension= vs.zend_extension?