Estou tentando aprender o desenvolvimento do Android e estou inicialmente confuso com as diferentes estruturas de projeto entre o Eclipse e o Android Studio. Isso dificulta seguir os tutoriais projetados para o Eclipse. Alguém poderia me dizer por que essas diferenças existem? Eles devem existir?

Por exemplo, se eu localizasse o arquivo R.java nos dois IDEs diferentes, os caminhos ficariam assim:

Eclipse: app \ gen \ com.example.app \ R.java

Estúdio Android: app \ build \ source \ r \ debug \ com.example.app \ R.java

Por que esses caminhos são diferentes? Por que meu R.java está localizado em uma pasta de depuração no Android Studio? Isso levou a alguns erros no início, e se alguém tiver alguma ideia dessas diferenças, eu os apreciaria.