Google Cloud Datastore vs Google App Engine

Eu estava dando uma olhada no novo Google Cloud Datastore e ficou ótimo. Mas há algo que eu não consegui entender ... é suposto substituir o armazenamento de dados do Google App Engine? Como posso usá-lo dentro do GAE? Quais são as diferenças entre os dois?

Eu tenho um aplicativo GAE em Java que usa 3 entidades com milhares de linhas cada uma, e eu preciso fazer junções com bastante frequência ...