Desde a última atualização do Java, eu preciso marcar meu manifesto de jars do applet com oTrusted-Library atributo para evitar aviso pop-up quando o javascript está se comunicando com o applet. (Vejohttp://docs.oracle.com/javase/7/docs/technotes/guides/jweb/mixed_code.html)

Manifest-Version: 1.0
Trusted-Library: true
Created-By: 1.6.0-internal (Sun Microsystems Inc.)

Eu nunca fiz essas coisas antes, existe um plugin que permite fazer isso de uma forma perfeita ou eu deveria escrever um, ou usar o plugin ant?

Os jars já estão montados e disponíveis através de dependências, copiados na pasta de destino a ser assinada durante o empacotamento. Estou usando o Maven 3