Eu estou tentando uma pequena variação deisto, a não ser que eu diga ao awk que o delimitador do arquivo a ser dividido com base no quinto campo pode ser dois-pontos ":" ou uma tabulação \ t. Eu faço oawk -F '[:\t]' em parte, ele realmente imprime o campo direito de $ 5.

No entanto, quando tento incorporar isso no comando maior, ele retorna o seguinte erro:

                                                             print > f
awk: cmd. line:9:                                            ^ syntax error

Este é o código:

awk -F '[:\t]' '    # read the list of numbers in Tile_Number_List
    FNR == NR {
        num[$1]
        next
    }

    # process each line of the .BAM file
    # any lines with an "unknown" $5 will be ignored
    $5 in num {
        f = "Alignments_" $5 ".sam"        print > f
    } ' Tile_Number_List.txt little.sam

Por que não funciona com a opção -F?