Eu tenho um arquivo que contém uma lista de números. Eu tenho um segundo arquivo com várias entradas e vários campos cada.

O que eu quero fazer é obter todas as linhas cujo 12º campo seja igual ao 1º número e colocá-las em um novo arquivo, depois no segundo número e assim por diante.

Eu escrevi um one-liner que faz sentido, mas não consigo entender porque não funciona.

Esta é a lista de números:

gatotruncations_list.txt

3
318
407
412
7

O arquivo com as entradas a serem classificadas é:

M00970:45:000000000-A42FD:1:1101:14736:1399 TGCCCAGTGCTCTGAATGTNNNNNTGAAGAAATTCAAGTAAGCGCGGGTCATCGGCNGGAGTAACTATGACTCTNTTAAGGAGGACCAATATGAACCANACNNNNNNNNNACTNTATCTAGGGTTCCCTGCACAGTATGTGNCC    79  TGCCCAGTGCTCTGAATGTNNNNNTGAAGAAATTCAAGTAAGCGCGGGTCATCGGCNGGAGTAACTATGACTCTNTTAA 65  GGAGGACCAATATGAACCANACNNNNNNNNNACTNTATCTAGGGTTCCCTGCACAGTATGTGNCC   79S65M  1   81  TGCCCAGTGCTCTGAATGTNNNNNTGAAGAAATTCAAGTAAGCGCGGGTCATCGGCNGGAGTAACTATGACTCTNTTAAGG   -2  318
M00970:45:000000000-A42FD:1:1101:15371:1399 TGCCCAGTGCTCTGAATGTNNNNNTGAAGAAATTCAAGTAAGCGCGGGTCAACGGCNGGAGTAACTATGACTCTNTTAAGGAGTCGGTGTTCACATGCNATNNNNNNNNNCAGNCGAACTTGATGAAGAACGTCGACGTGTNGG    83  TGCCCAGTGCTCTGAATGTNNNNNTGAAGAAATTCAAGTAAGCGCGGGTCAACGGCNGGAGTAACTATGACTCTNTTAAGGAG 61  TCGGTGTTCACATGCNATNNNNNNNNNCAGNCGAACTTGATGAAGAACGTCGACGTGTNGG   83S61M  1   81  TGCCCAGTGCTCTGAATGTNNNNNTGAAGAAATTCAAGTAAGCGCGGGTCAACGGCNGGAGTAACTATGACTCTNTTAAGG   2   407

Este é o meu comando:

file="truncations_list.txt"
while read line; do awk '$12==$line' R2_Output.txt >reads_$line.txt ; done <"$file"

Este comando irá criar todos os arquivos "reads_412.txt", etc, mas todos os arquivos estão vazios.

Eu aprecio sua ajuda!