Trabalho de referência de projeto em torno de .net 4.5 e .net 3.5

Em continuar para este segmento:
Misturando o .NET 3.5 com montagens 4 / 4.5 na mesma solução / projeto

Eu encontrei uma solução alternativa:
http://social.msdn.microsoft.com/Forums/pt-BR/clr/thread/36b1a209-55d5-4323-91dc-0919ba2e1d03/

Basicamente, obtém minha solução de compilação e determina cada projeto sob o qual o CLR é executado.
Alguém vê desvantagem nisso?
Ele constrói os projetos, na minha API de terceiros que deve rodar em .net 3.5, eu escrevo explicitamente em seu App.config para rodar com o CLR 2.0 e não 4.0

 <startup>
 <supportedRuntime version="v2.0.50727"/>
 <!--<supportedRuntime version="v4.0"/>-->
 </startup>

EDITAR:
Meu aplicativo principal está usando os recursos .net 4.5 e C # 5. Minha API de terceiros está sendo executada em um processo filho (eu inicio a partir do principal) e esse processo se conectará à API que deve estar no 3.5 e no CLR2. Então eu explicitamente defini lá para rodar como CLR2 ..

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