Quais são algumas práticas padrão para gerenciar um aplicativo JavaScript médio-grande? Minhas preocupações são a velocidade do download do navegador e a facilidade e manutenção do desenvolvimento.

Nosso código JavaScript é aproximadamente "namespaced" como:

var Client = {
   var1: '',
   var2: '',

   accounts: {
      /* 100's of functions and variables */
   },

   orders: {
      /* 100's of functions and variables and subsections */
   }

   /* etc, etc  for a couple hundred kb */
}

No momento, temos um arquivo JavaScript (descompactado, sem restrições, altamente legível) para lidar com toda a lógica de negócios no aplicativo da web. Além disso, há jQuery e várias extensões jQuery. O problema que enfrentamos é que é precisopara sempre para encontrar qualquer coisa no código JavaScript e o navegador ainda tem uma dúzia de arquivos para download.

É comum ter um punhado de arquivos JavaScript de "origem" que são "compilados" em um arquivo JavaScript compactado final? Quaisquer outras dicas úteis ou melhores práticas?