Estou usando o Entity Framework 4.3 Code First com um inicializador de banco de dados personalizado como este:

public class MyContext : DbContext
{
    public MyContext()
    {
        Database.SetInitializer(new MyContextInitializer());
    }
}

public class MyContextInitializer : CreateDatabaseIfNotExists<MyContext>
{
    protected override void Seed(MyContext context)
    {
        // Add defaults to certain tables in the database

        base.Seed(context);
    }
}

Sempre que meu modelo muda, eu edito meus mapeamentos e mapeamentos manualmente e atualizo meu banco de dados manualmente.

Quando executo meu aplicativo novamente, recebo este erro:

Erro de Servidor na '/' Aplicação.O modelo que suporta o contexto 'MyContext' mudou desde que o banco de dados foi criado. Considere o uso do Code First Migrations para atualizar o banco de dados (http://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=238269).

Descrição: Uma exceção não tratada ocorreu durante a execução da solicitação da web atual. Revise o rastreamento de pilha para obter mais informações sobre o erro e onde ele foi originado no código.

Detalhes da Exceção: System.InvalidOperationException: O modelo que suporta o contexto 'MyContext' foi alterado desde a criação do banco de dados. Considere o uso do Code First Migrations para atualizar o banco de dados (http://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=238269).

Usando o EFProfiler, também noto essas consultas sendo executadas:

-- statement #1
SELECT [GroupBy1].[A1] AS [C1]
FROM   (SELECT COUNT(1) AS [A1]
        FROM   [dbo].[__MigrationHistory] AS [Extent1]) AS [GroupBy1]

-- statement #2
SELECT TOP (1) [Project1].[C1]          AS [C1],
               [Project1].[MigrationId] AS [MigrationId],
               [Project1].[Model]       AS [Model]
FROM   (SELECT [Extent1].[MigrationId] AS [MigrationId],
               [Extent1].[CreatedOn]   AS [CreatedOn],
               [Extent1].[Model]       AS [Model],
               1                       AS [C1]
        FROM   [dbo].[__MigrationHistory] AS [Extent1]) AS [Project1]
ORDER  BY [Project1].[CreatedOn] DESC

Como posso evitar isso?