Aqui está o meu código:

Ele realmente conta as caixas de seleção e escreve dentro<span class="counter"></span>. Este código funciona no Firefox, mas não no Chrome.

No Chrome, o .select_all verifica todas as caixas de seleção desejadas, mas não atualiza o contador. Na verdade, o contador é atualizado quando desmarco a opção .select_all, o que é estranho.

FATO IMPORTANTE: Eu não quero contar as caixas de seleção .Select_all dentro do meu .counter

jQuery(document).ready(function($){

$(function() {
    $('#general i .counter').text(' ');

    var generallen = $("#general-content input[name='wpmm[]']:checked").length;
    if(generallen>0){$("#general i .counter").text('('+generallen+')');}else{$("#general i .counter").text(' ');}
})

$("#general-content input:checkbox").on("change", function() {
    var len = $("#general-content input[name='wpmm[]']:checked").length;
    if(len>0){$("#general i .counter").text('('+len+')');}else{$("#general i .counter").text(' ');}
});


$(function() {
    $('.select_all').change(function() {
        var checkthis = $(this);
        var checkboxes = $(this).parent().next('ul').find("input[name='wpmm[]']");

        if(checkthis.is(':checked')) {
            checkboxes.attr('checked', true);
        } else {
            checkboxes.attr('checked', false);
        }
    });
});

});

EDIT: aqui está um documento de exemplo do código:http://jsfiddle.net/8PVDy/1/