Eu tinha conteúdo do site em uma subpasta (http://mydomain.com/subfolder/index.php), agora eu copiei tudo para a pasta raiz (http://mydomain.com/index.php).

Eu gostaria de redirecionar todos os visitantes que marcaram a página antiga para o novo conteúdo (pelo menos para o novo index.php) usando .htaccess.

Está correto:

RewriteEngine on
RewriteRule /subfolder/^(.*)$ http://mydomain.com [R=301,L]

?

E onde eu colocaria o arquivo .htaccess, na subpasta ou na pasta raiz?